Az iskolát 1920-ban, egyházi iskolaként alapították, de csak 1932–33-ban készült el a mai, 3 szintes neobarokk stílusú épület, melyben akkoriban bentlakásos leányképzés folyt. 1947-ben az iskolát államosították, az intézmény új neve Kaffka Margit Gimnázium lett, és csak 1989-ben adták vissza az iskolát az IMNN kongregációjának. A Szent Margit Gimnázium első osztálya végül 1996-ban indult újra, s 2000-ben ballagott el az utolsó, nem egyházi osztály.